പഴയ കൊച്ചിരാജാവിന്റെ അനുമതിയോടെ പോർച്ചുഗീസുകാർ പണികഴിപ്പിച്ച കോട്ടയുടെ നടുവിലാണ് മരവും മണ്ണും കൊണ്ട് നിർമ്മിച്ച സെന്റ് ഫ്രാൻസിസ് സി എസ് ഐ പള്ളി സ്ഥിതി ചെയ്യുന്നത്. 1503 മുതലാണ് പള്ളിയുടെ ചരിത്രം ആരംഭിക്കുന്നത്. മനോഹരമായ വാസ്തുവിദ്യയ്ക്കും അന്തരീക്ഷത്തിനും പേരുകേട്ട സെന്റ് ഫ്രാൻസിസ് ചർച്ച് ഇന്ത്യയിലെ യൂറോപ്യന്മാർ നിർമ്മിച്ച ഏറ്റവും പഴക്കമുള്ള പള്ളികളിൽ ഒന്നാണെന്ന് വിശ്വസിക്കപ്പെടുന്നു.

വിവിധ യൂറോപ്യൻ അധിനിവേശങ്ങൾക്ക് സാക്ഷ്യം വഹിച്ച ഈ പള്ളി 1663-ൽ കൊച്ചിയിലെ ഡച്ച് അധിനിവേശത്തിൽ അവരുടെ അധീനതയിലായി. തങ്ങളുടെ കമ്മ്യൂണിയൻ ടേബിളും റോസ്ട്രം ഫർണിച്ചറുകളും സ്ഥാപിച്ച് അവർ അത് അവരുടെ പള്ളിയാക്കി മാറ്റി. പള്ളിയോട് ചേർന്ന് അവർ ഡച്ച് സെമിത്തേരിയും നിർമ്മിച്ചു. 

കേരള തീരത്തെത്തിയ ആദ്യത്തെ പോർച്ചുഗീസ് നാവികനായ പ്രശസ്ത പര്യവേക്ഷകനായ വാസ്കോഡ ഗാമ 1524-ൽ തന്റെ മൂന്നാമത്തെ കൊച്ചി സന്ദർശനത്തിനിടെ അന്തരിച്ചു. ഈ പള്ളിയിലാണ് അദ്ദേഹത്തെ അടക്കം ചെയ്തത്. 14 വർഷത്തിനു ശേഷം മൃതദേഹം പോർച്ചുഗലിലേക്ക് കൊണ്ടുപോയി. 

പള്ളിക്കുള്ളിലെ അദ്ദേഹത്തിന്റെ ശ്മശാന സ്ഥലം വ്യക്തമായി അടയാളപ്പെടുത്തിയിരിക്കുന്നു, അന്നുമുതൽ സന്ദർശകരെ ആകർഷിച്ചു വരികയാണ്.